一、血吸虫生长发育和繁殖的分子机理
血吸虫的雌虫需要雄虫诱导才能启动和维持其生殖系统的发育成熟并产卵。我们利用RNA-seq等高通量测序手段，分析血吸虫雌雄虫合抱到性成熟过程的基因表达变化，挖掘潜在功能基因，继而结合发育生物学方法，利用基因干扰和体外培养等体系，筛选并解析重要基因的分子功能，为进一步开发阻断血吸虫产卵及传播的干预手段提供基础。
血吸虫的雌虫需要雄虫诱导才能启动和维持其生殖系统的发育成熟并产卵。我们利用RNA-seq等高通量测序手段，分析血吸虫雌雄虫合抱到性成熟过程的基因表达变化，挖掘潜在功能基因，继而结合发育生物学方法，利用基因干扰和体外培养等体系，筛选并解析重要基因的分子功能，为进一步开发阻断血吸虫产卵及传播的干预手段提供基础。
通过新一代测序技术组装和注释染色体水平的参考基因组，结合群体遗传学及生物信息学手段分析血吸虫及入侵媒介的群体遗传结构、推断群体分化历史，检测自然选择位点，识别适应环境及宿主的关键分子基础，探究关键分子的作用机制，为寄生虫和入侵媒介防控提供重要参考。
血吸虫感染能够建立具有调节性的抗炎环境并产生可以与宿主受体结合以发挥抑炎作用的免疫调节因子。阐明血吸虫感染对宿主免疫微环境的塑造作用，明确血吸虫来源发挥抑炎作用的关键活性分子，揭示其诱导产生的免疫调节作用特征和机制，为利用蠕虫及其活性分子干预过敏、自身免疫性疾病或其他炎症性疾病提供基础。
水生生态系统是自然界最富生物多样性的生态景观和人类最重要的生态资本之一。浮游动物是水生生态系统的核心组成部分：它们以浮游植物、细菌、碎屑等为食，被誉为是水体污染的“清道夫”，又是许多高等水生动物的主要食物来源。解析浮游动物的生物多样性特征，阐明其应对变化环境的快速进化机制，对于维持健康淡水生态系统有着重要意义。